Представим, что на флешке лежат десятки, сотни тысяч мелких файлов; или флешка содержит загрузочную запись (например, в случае наличия на ней инсталлятора какой-либо ОС). Естественно, копировать файлы обычным способом нецелесообразно: займет большое количество часов, или будет потеря загрузочной записи. Значит, флешку копировать нужно побайтно.

Многие, прочитав абзац выше, уже поняли, какую программу надо использовать для этого действия. Однако меня занесло в интернет и советы в нем - и эти советы отняли у меня 1.5 часа времени, пока я сам не вспомнил о нужной программе. В итоге я провозился с UltraISO, применяя кем-то изобретенный алгоритм сохранения образа диска и записи его на флешку-приемник, но так и не добился результата. А потом вспомнил об Acronis - и все сделал успешно за 10 минут.

(добавлено 25.03.2015): при тестировании загрузочной флешки, сделанной при помощи WinSetupFromUSB и скопированной при помощи Acronis - выяснилось, что разрушается загрузочное меню (MBR копируется корректно). Так как альтернативы WinSetupFromUSB нет - значит, с этим недостатком можно просто смириться.

(добавлено 05.08.2019) На данный момент Acronis смог скопировать загрузочную флешку с Windows 7 целиком. Acronis True Image v.2018 Build 9207. Более новые версии не рекомендуются: компания внедрила свои алгоритмы оптимизации диска. Например, файл подкачки размещала в конце диска - из-за чего после восстановления у админов начинались баги в работе сервера.

Для полного копирования флешки - лучше использовать USB Image Tool.

(добавлено 10.10.2023) USB Image Tool - отправляется в утиль, вместо нее используется ImageUSB.